健康人肠道内经常寄居着大量的无芽孢厌氧杆菌和少量的兼性厌氧菌。这些细菌在正常肠道内是不致病的，但当肠道发生病理性改变时，就可能侵入引起疾病。

1.自然排便采集：自然排便后，挑取有脓血、黏液部位的粪便2～3g，液状粪便取絮状物盛于无菌容器内或置于保存液，或增菌液中及时送检。

2.结直肠拭子：如不易获得粪便时或排便困难的患者及幼儿，可采用直肠拭子方法采集，插入肛门4～5cm深处（小儿2～3cm），轻轻转动拭子，采集结直肠表面黏液后取出，拭子放入无菌试管内送检。

检查有无致病菌感染。肠道中细菌种类受食物的影响，除人乳喂养的婴儿肠道内以革兰阳性菌为主外，其余的人肠道内均以革兰阴性菌占优势，一般不致病，但发生病理改变和机体抵抗力降低时，就可能侵入病变部位而引起感染，如腹膜炎、泌尿系感染、败血症等。肠道致病菌主要有：

1.革兰阳性菌：金黄色葡萄球菌、肠球菌、厌氧链球菌、结核分枝杆菌、产气夹膜梭菌等。

2.革兰阴性菌：伤寒及其沙门菌、志贺菌、耶尔森菌等。

无致病菌生长。

1.粪便含有多种杂菌，若便器或标本盛器不洁而污染了变形杆菌或真菌就可能影响病原菌的分离，甚至将污染菌误认为病菌，因此尽量采用无菌容器。

2.腹泻患者尽量在急性期采集标本，标本最好在用药前采集。

3.用于厌氧培养的标本应减量避免与空气接触，最好为床边接种。